Фастів мав сумну, але й щасливу долю: після занепаду починав відроджуватися. У черговий раз він занепав за часів судової тяганини між Івашенцевичами і католицькими єпископами.

З укладанням Люблінської унії 1569 року і входженням українських земель до складу Речі Посполитої значно посилився національно-релігійний гніт в Україні. Наслідком конфронтації між православними і католиками став поділ українців на дві конфесії. Як відомо, у XIV-XV століттях на українські землі у складі Великого князівства Литовського поширювалася духовна влада митрополитів, які після зруйнування Києва монголо-татарами перебували у Москві. Їх намагалися використати у своїх політичних цілях московські князі. Це стало причиною того, що 1458 року утворилася Київська митрополія, незалежна від московських митрополитів. Київські митрополити другої половини XV століття були прихильниками Флорентійської унії 1439 року — об'єднання католицької та православної церков і підтримували зв'язки з римськими папами. Згодом ці відносини перервалися і київська митрополія вступила в період глибокої кризи, яка призвела до укладання Берестейської унії 1596 року. В результаті цього акту було оголошено про греко-католицьке віровизнання Київської митрополії. З 1596 до 1620 року у Києві існувала лише уніатська митрополія. Одразу після берестейського собору з восьми єпархій Київської митрополії унію прийняли шість, з-поміж них і Київська єпархія.

До укладання унії спонукала політика подальшого спольщення українського народу, а також потреба домогтися зрівняння у правах українського духівництва з латинським. Значення Берестейської унії неодновимірне в різних часових площинах. Підпорядкування української церкви папі римському вводило Україну в загальноєвропейський культурний контекст, зберігаючи цілком православний обряд. Разом із тим, польська експансія несла розкол і розбрат, великі непорозуміння між українцями. Втім, за умов російської експансії (XVII ст.) і поступового перетворення української церкви на російську протягом XVIII століття унія фактично виконувала оборонну роль, обстоювала національну українську церкву.

Але повернімося у століття XVI, коли католицька Польща протистояла українському православному суспільству. Так, окрім польського католицизму, існував католицизм український — дітей багатших українських міщан, шляхтичів, які з кінця XV століття вирушили здобувати освіту у Західній Європі. Щоб навчатися в університетах, вони мусили змінити віру. Втім, і в католицтві залишалися українцями, не порвали зі своїм народом і зробили для нього чимало доброго, принесли ідеї Ренесансу. Культурне піднесення в Україні у XVI столітті почалося в середовищі не православних, а католиків — завдяки прямому єднанню з Європою. Католицька церква відповідно до характеру епох виступила провідником західної культури. Зокрема у Фастові її діяльність розгорнулася завдяки католикові-українцю Йосипу Верещинському.

Народився Й. Верещинський у м. Збаражі. Православний, прийняв римо-католицизм, став священиком у Холмі, ігуменом бенедиктинського монастиря, з 1589 року—київський біскуп, автор політичних, полемічних, моралізаторських та поетичних творів. (Побудка. Вільно, 1594; Голос... на піднесення потужної війни проти турецького царя. Новий Верещин (Фастів), 1597; Спосіб осадження нового Києва. Краків, 1598 тощо).

Цінні думки про творчість його та діяльність подибуємо у творах В. Шевчука. Автор, зокрема, наголошує на тому, що Йосип Верещинський перший накреслив конституцію України як Козацької держави у формі князівства з підлеглістю королю й утворенням на основі козацьких полків окремих адміністративно-територіальних одиниць. Населення територіального полку з полковим містом і сільськогосподарською округою мало підпадати під юрисдикцію місцевих органів влади. Проект організації Війська Запорізького на Задніпров'ї Й. Верещинський уклав ще в 1590 році, а остаточно опрацював його 1596 року. (Сас П., Оріховський С., Верещинський Й. Політико-правові концепції державного устрою. Україна-Польща. — К., 1993, С. 65,67).

Те, що ідеї відновлення держави Київської, козацького державотворення України-Руси йшли із середовища римо-католицького українства, змушує всупереч певним стереотипам визнати, що в XVI і першій чверті XVII століть католик-українець був далебі не ренегатом, не відступником від свого народу, а виявляв іноді не менший патріотизм, ніж українець православний.

Й. Верещинський прагнув забезпечити спокій і безпеку Україні, оборону краю від татар. Про себе писав: «Я, як Овідій, був вигнаний на окраїнне єпископство, де... конфлікти київські єпископи вирішують не Біблією, а шаблею». Він особисто неодноразово ганявся з козаками по степах за татарами. У творі «Побудка» свідчив про козацтво як значну мілітарну силу, а князя Вишневецького (Байду) називав «козаком бойовим». Був за вдачею жвавим, вразливим, цікавився усіма проявами народного життя. Проповіді його відзначалися терпимістю й простотою.

Щоб дати поштовх Фастову до нового життя після чергового занепаду, єпископ Й. Верещинський домігся звільнення містечка 1593 року як новозаселеного поселення від сплати всіх податків, пообіцяв клопотатися про надання мешканцям привілеїв. І населення швидко почало зростати. Він спорудив у Фастові замок, укріплений валами і ровами. Перейменував поселення на «Новий Верещин», намагався перетворити його на один із осередків католицизму в Україні. А ще заснував тут парафію, побудував костел, який обслуговував швидко зростаюче католицьке населення. За Й.Верещинського у Фастові почала діяти друкарня, з видань якої відома особиста брошура єпископа: «votum Іосефа Верещенського з ласки Божей бискупа київського друковане в Новому Верещине року 1597». Помер Й.Верещинський 1598 (або 1599)року.

1598 року київська катедра дісталася єпископові К. Казимирському. Він повернув поселенню попередню назву. На його клопотання король Сигізмунд III надав Фастову права і привілеї містечка. Це засвідчує привілей від 11 квітня 1601 року, що зберігається у Головному архіві давніх актів у Варшаві. Фастів стає резиденцією єпископів.

Саме тоді розгорнулася активна діяльність найвпливовішого католицького чернечого ордену єзуїтів, який ставив за мету поширити вплив католицької церкви на українську православну шляхту. Для виховання своїх прихильників єзуїти відкривали безплатні навчальні заклади — колегіуми, які відзначалися досить високим рівнем викладання.

В Україні такі школи були створені у Львові (1608 р.), Луцьку (1609 р.), Кам'янці-Подільському (1610 р.).

У 1612 році єзуїтська місія осіла в Києві. Католицькі єзуїтські школи правили за певний взірець тогочасної європейської освіти. Разом із тим, по закінченню навчання у таких школах частина молоді із заможних родин наверталася в католицтво, відрікалася від української мови і культури. Так починався багатовіковий процес розсіювання інтелекту української нації на користь інших держав — поневолювачів України.

1638 року у Фастові зводять монастир члени католицького чернечого ордену бернардинів (у Європі вони мали близько 700 монастирів). Католицькому та єзуїтському вихованню протистояла широка мережа нових братських православних шкіл, які ґрунтувалися на традиційній вітчизняній основі і враховували потреби свого часу. Вони виховували учнів у дусі патріотизму, поваги й любові до мови та культури свого народу (більшість освічених людей свого часу володіла кількома мовами, зокрема польською).

Насаджуючи католицтво, польська шляхта і духівництво захоплювали кращі землі, з року в рік збільшували феодальні повинності.

1618 року фастівчани взяли активну участь у великому антифеодальному повстанні, яке спалахнуло в центральній частині Київського воєводства.

Попри надані права і привілеї, значні культурні перетворення і повне відродження, Фастів на початку XVII століття залишався невеликим поселенням: у 1630 році тут налічувалося лише 152 двори. Розвинуто було скотарство, значно менше — хліборобство. Тарифи поборів Київського воєводства 1631 року називають у Фастові 19 ремісників, які займалися ткацтвом, гончарством, обробкою дерева. Важливе місце в господарстві посідали промисли, зокрема рибальство і мисливство.